​​​​​​تختص هيئة الرقابة الإدارية طبقاً لقانون إنشائها رقم 54 لسنة 1964 و المعدل بالقانون رقم 207 لسنة 2017 بالآتي:
1. بحث وتحرى أسـباب القصور فى العمل والإنتاج وإقتراح وسائل تلافيها . 
2. الكشف عن عيوب النظم الإدارية والفنية والمالية التى ​تعرقل السير المنتظم للأجهزة العامة وإقتراح وسائل تلافيها . 
3. متابعة تنفيذ القوانين والتأكد من أن القرارات واللوائح والأنظمة السارية وافيه لتحقيق الغرض منها . ​
4. الكشف عن المخالفات الادارية والمالية والفنية التى تقع من العاملين أثناء مباشرتهم لواجبات وظائفهم أو بسببها . 
5. كشف وضبط الجرائم الجنائية التى تقع من غير العاملين والتى تستهدف المساس بسلامة آداء واجبات الوظيفة أو الخدمة العامة . 
6. بحث الشكاوى التى ي​​​​​​قدمها المواطنون عن مخالفة القوانين أو الإهمال فى آداء واجبات الوظيفة ومقترحاتهم فيما يترائى لهم أو يلمسونه بقصد تحسين الخدمات وإنتظام سير العمل وسرعة إنجازه . 
7. بحــث ودراســة مــا تنشــره الصحافــة مـــن شكــــاوى أو تحقيقات صحفية تتناول نواحى الإهمال أو الإستهتار أو سوء الإدارة أو الإستغلال وكذلك ما تتعرض له وسائل الإعلام المختلفة فى هذه النواحى . 
8. مد السيد رئيس الوزراء والسـادة الوزراء والمحافظين بأية بيانات أو معلومات أو دراسات يطلبونها منها . 
الإختصاصات المستحدثة بالقانون رقم 207 لسنة​​ 2017 :  ​

9- كشف وضبط الجرائم التي تستهدف الحصول أو محاولة الحصول على أي ربح أو منفعة باستغلال صفة أحد الموظفين العموميين المدينين أو أحد شاغلى المناصب العامة بالجهات المدنية أو اسم احدى الجهات المدنية المنصوص عليها بالمادة (4) من هذا القانون ، 

10-الجرائم المتعلقة بتنظيم عمليات النقد الأجنبي المنصوص عليها بقانون البنك المركزى والجهاز المصرفي والنقد الصادر بالقانون رقم 88 لسنة 2003 وفقا لأحكامه ،

11-​الجرائم المنصوص عليها بالقانون رقم 5 لسنة 2010 بشأن تنظيم زرع الأعضاء البشرية ،

12- الجرائم المنصوص عليها بالقانون رقم 64 لسنة 2010 بشأن مكافحة الاتجار في البشر.

13- ​وضع ومتابعة تنفيذ الاستراتيجية الوطنية لمكافحة الفساد بالمشاركة مع غيرها من الهيئات والأجهزة المعنية في الدولة.

14-التعاون والتنسيق وتبادل الخبرات والوثائق والمعلومات مع الهيئات والأجهزة الرقابية في الدولة وغيرها من الجهات المختصة بمكافحة الفساد في الخارج.

15-نشر قيم النزاهة والشفافية والعمل على التوعية المجتمعية بمخاطر الفساد وسبل التعاون لمنعه ومكافحته وتقوم الهيئة في سبيل ذلك بالتعاون مع كافة الجهات المعنية ​​ومنظمات المجتمع المدنى .

16-متابعة نتائج المؤشرات الدولية والإقليمية والمحلية في مجال منع الفساد ومكافحته ووضع التوصيات اللازمة لتلافى أي نتائج سلبية اسفرت عنها تلك المؤشرات ومتابعة تنفيذها بصفة دورية وتقييم أداء المسئولين عن تنفيذها.

هذا بالإضافة إلى الآتى :​ 

1. معاونة الجهاز الحكومى والهيئات العامة وقطاع الأعمال العام فى التحرى عن شاغلى وظائف الإدارة العليا والمرشحين لنيل الأوسمة والنياشين . 
2. التحرى عن حالات الكسب غير المشروع تنفيذاً لقانون الكسب غير المشروع وبناءًً على ما تقرره هيئات الفحص والتحقيق بإدارة الكسب غير المشروع . 
3. التحرى عن العمليات المالية التى يشتبه فى أنها تتضمن غسل أموال بالتنسيق وتبادل المعلومات مع وحدة مكافحة غسل الأموال بالبنك المركزى .  ​ ​​​​​​​